La villa de Mazuela, Situada en el histórico campo de Muñó o Candemuñó, posee un término agrícola en las tierras que se inclinan hacia la margen izquierda del Arlanzón. Su nombre implica algunas dificultades; puede derivarse de mansio (casa) en procedencia latina. La primera mención escrita data del año 1044, se trata de una escritura a favor del Monasterio de San Pedro de Arlanza, que dicta Laín González, y que nombra entre otros pueblos a Mazuela. Parece que Laín entrega su hacienda en esta villa al abad del Monasterio en el que había siso enterrado el conde Fernán González. Pero la localidad de Mazuela existía desde mucho tiempo atrás, desde que el Campo de Muñó, protegido por sus propias defensas y por las de Castrojeriz y Burgos, se convirtió en tierra de promisión para los castellanos.

Entre los ríos Arlanzón y Arlanza se creó un campo generoso de pan y vino y propicio para la ganadería ovina. Surgieron entonces multitud de aldeas, muchas desaparecidas en la Edad Media. Mazuela nació en esta oleada repobladora que tuvo lugar entre los años 890 y 920; y apareció también la villa de Santa Lucía, que con el tiempo acabaría integrándose en Mazuela. La villa queda inscrita en el alfoz de Muñó y en la merindad del mismo nombre; los vecinos organizaron su vida en torno a sus campos y rebaños y acudían regularmente a los mercados de Presencio y Pampliega, villas más fuertes y más pobladas, para intercambiar sus productos. Por otro lado, Alfonso VII, el titulado emperador que reinó en Castilla y León entre los años 1126 y 1156, entregó un día a sus servidores Sobrino-González el término de Mazuela.

El rey entregaba una parte de su soberanía a estos caballeros, quiénes la poseerían con el sentido feudal más atenuado que se usaba en Castilla. Aproximadamente dos siglos después, en el año 1332, con la aprobación del rey Alfonso XI y también de los vecinos, los Sobrino-González venden la villa a la ciudad de Burgos, que la incluye en su amplio señorío. El famoso libro del Becerro de las Behetrías (año 1352) confirma esta adquisición. Como vasallos de la cabeza de Castilla, los vecinos de Mazuela que tienen yunta pagan por infurción (impuesto sobre solares) dos fanegas de cebada y cuatro celemines de trigo; mientras que los que tienen media yunta (sólo un buey) pagan la mitad anualmente. Además contribuyen a la hacienda del rey con servicios y monedas, mientras que por San Martín (martiniega) pagan 136 maravedises. También se lee en esta publicación el nombre de Gonzalo Ramírez de Mazuela, solariego de Hormaza y Ciruelos de Cervera, donde comparte santos y honores con el abad de Silos. Quizás sea familia de los Mazuela, poderosos mercaderes de Burgos entre los siglos XV y XVI.

Mazuela vivió con cierta comodidad al abrigo de la ciudad de Burgos; en el año 1591 contaba con 70 vecinos, algo más de 300 habitantes. Por otro lado, en el siglo XVIII, Mazuela aparece integrada en el régimen de realengo, en la administración directa de la corona.